Des chercheurs marocains viennent de publier la première grande étude consacrée au microbiome des fruits d’argan. Leur travail révèle un univers microscopique complexe de bactéries et de champignons qui pourrait jouer un rôle clé dans la santé de cet arbre emblématique du Maroc.
L’arganier est souvent présenté comme un symbole du Maroc, un arbre capable de survivre dans des conditions climatiques extrêmes et dont les fruits donnent naissance à une huile prisée dans le monde entier. Pourtant, malgré des décennies de recherches sur ses propriétés nutritionnelles et cosmétiques, une partie essentielle de son écosystème restait jusqu’ici largement ignorée: les micro-organismes qui vivent directement dans ses fruits.
Une étude scientifique publiée en 2026 dans la revue BMC Plant Biology vient apporter un éclairage inédit sur ce monde invisible. L’étude, dirigée par Fatima Zahra Aliyat, chercheuse à l’African Genome Center de l’Université Mohammed VI Polytechnique (UM6P) à Benguerir, constitue la première analyse approfondie du microbiome des fruits d’argan à l’échelle du Maroc. Les travaux ont été menés avec des chercheurs de plusieurs institutions marocaines, dont l’Université Moulay Ismaïl de Meknès et l’Université Sultan Moulay Slimane de Béni Mellal.
Un arbre emblématique au cœur d’un écosystème unique
L’arganier (Argania spinosa, aujourd’hui classé Sideroxylon spinosum) est une espèce endémique du Maroc. Il pousse principalement dans le sud-ouest du pays, notamment autour d’Agadir et d’Essaouira, où l’arganeraie couvre plusieurs millions d’hectares et constitue une réserve de biosphère reconnue par l’UNESCO.
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Au-delà de sa valeur économique — l’huile d’argan étant utilisée dans l’alimentation, la cosmétique et la pharmacologie — l’arbre joue aussi un rôle écologique majeur. Il contribue à limiter la désertification et abrite une biodiversité remarquable dans des environnements souvent arides.
Mais comme toutes les plantes, l’arganier ne vit pas seul. Ses racines, ses feuilles et ses fruits hébergent des communautés complexes de micro-organismes qui interagissent avec la plante et son environnement.
Les fruits d’argan abritent une grande diversité microbienne
Pour mieux comprendre cet univers microscopique, les chercheurs ont analysé les microbes présents dans les fruits d’argan collectés dans différentes régions du Maroc. Au total, des échantillons ont été prélevés sur 36 arbres répartis dans quatre zones: Agadir, Essaouira, Rabat et Berkane, couvrant un transect d’environ 1 000 kilomètres et une grande diversité de sols et d’altitudes.
Grâce à des techniques de séquençage génétique, l’équipe a identifié plusieurs centaines de micro-organismes vivant dans ces fruits.
Les analyses ont révélé la présence d’environ 139 types de bactéries et 288 types de champignons, formant des communautés complexes dont la composition varie selon les conditions environnementales.
Certaines bactéries semblent particulièrement dominantes. Le genre Pantoea, par exemple, représente parfois jusqu’à près de 90 % des bactéries observées dans certains fruits.
Du côté des champignons, une levure appelée Hanseniaspora apparaît très fréquente, notamment dans certaines régions du Maroc.
Le rôle déterminant du sol
L’un des résultats les plus surprenants de l’étude concerne l’influence de l’environnement. Les chercheurs ont comparé les communautés microbiennes présentes dans les fruits avec les caractéristiques des sols dans lesquels poussent les arbres.
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Leur conclusion est claire: les propriétés du sol semblent jouer un rôle plus important que la simple localisation géographique.
Le pH du sol, la disponibilité en nutriments comme l’azote ou le potassium, ainsi que la présence de carbonate de calcium apparaissent comme des facteurs majeurs qui influencent la composition des microbes associés aux fruits d’argan.
Autrement dit, deux arganiers situés dans des régions différentes peuvent héberger des communautés microbiennes similaires si leurs sols présentent des caractéristiques comparables.
Des microbes parfois utiles pour les plantes
Les micro-organismes identifiés ne sont pas seulement des passagers passifs. Dans de nombreuses plantes, certaines bactéries et levures peuvent jouer un rôle important dans la protection contre les maladies, la tolérance au stress ou même la qualité des fruits.
Certaines espèces du genre Pantoea, par exemple, sont connues pour coloniser les surfaces des plantes et parfois contribuer à leur protection contre certains pathogènes. Dans d’autres fruits, ces microbes participent également aux processus de maturation ou de fermentation naturelle.
De même, les levures du genre Hanseniaspora sont fréquemment associées aux fruits riches en sucres et jouent un rôle important dans les premières étapes de fermentation dans des produits comme le vin ou certains fruits fermentés.
Comprendre ces microbes pour mieux protéger l’arganier
Au-delà de la curiosité scientifique, ces travaux pourraient avoir des implications concrètes pour la conservation et la gestion durable de l’arganeraie.
L’écosystème de l’arganier est aujourd’hui soumis à de nombreuses pressions: surexploitation, surpâturage, dégradation des sols et changement climatique. Mieux comprendre les interactions entre les arbres, les microbes et leur environnement pourrait aider à développer des stratégies agricoles plus durables.
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Les chercheurs soulignent d’ailleurs que leur étude constitue une première base scientifique pour explorer le rôle du microbiome dans la santé des arganiers et la qualité des fruits.
À terme, ces connaissances pourraient permettre d’identifier des microbes bénéfiques capables d’améliorer la résistance des arbres ou de soutenir la production d’argan dans des conditions environnementales de plus en plus difficiles.
Aliyat F.Z. et al. (2026). The microbiome of argan fruits (Sideroxylon spinosum): diversity, environmental drivers and ecological implications across Moroccan ecosystems. BMC Plant Biology.
DOI:10.1186/s12870-026-08168-8
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